Ancienne cour d’honneur de l’Hôtel-Dieu, au pied du grand dôme, c’est aujourd’hui l’espace qui annonce l’entrée principale de l’hôtel. Elle accueille la terrasse du restaurant situé dans l’ancien réfectoire des soeurs. Elle crée également une transition entre les différents espaces à ciel ouvert du site : les cours minérales au sud et les cours végétales au nord.
« Le jardin des senteurs » se veut un lieu de calme dédié au passage et à la détente des visiteurs, bercés par le bruit de l’eau. Le jardin en croix est structuré autour de plusieurs éléments : la fontaine, la promenade ombragée sous la treille végétalisée, des platebandes composées de plantes odorantes (iris, seringua, lilas...) ainsi qu’une roseraie.
Cette cour dessert également l’hôtel Intercontinental et accueille la terrasse de son restaurant.
« Le jardin des apothicaires » est une toiture végétale, inaccessible au public mais visible depuis les étages du centre de conventions, du musée et depuis les bâtiments voisins (de la rue Childebert). Ouvrage de botanique à ciel ouvert, espace confidentiel et précieux où se marient le romarin, les lavandes, le thym ou l’églantine..., il est constitué de carrés de plantes médicinales entourés de bois tressé.
Cour technique et logistique, elle n’est pas accessible au public mais reste visible depuis l’hôtel, l’espace muséal et l’extérieur du site. Elle a donc, elle aussi, eu droit à un traitement paysager. Le végétal s’exprime à travers une treille qui tapisse la toiture des locaux de service de l’hôtel et les accès sécurite
Cour urbaine par excellence, la plus grande de toutes les cours est au centre du site. Elle accueille de nombreuses terrasses de restaurants situés dans le socle de la Loge des Fous et au rez-de-chaussée des bâtiments existants qui la bordent.
« La cour de la fontaine », espace minéral doté d’un bassin central, est à la fois une cour qui se traverse et un lieu de pause privilégié grâce aux terrasses des commerces qui l’entourent. Un marché des terroirs, rendez-vous de producteurs locaux, s’y tiendra périodiquement.
Cette nouvelle cour ouverte sur la rue Bellecordière crée une entrée indirecte sur le site par une galerie. Elle offre une perspective sur le dôme Pascalon et donne accès aux bureaux des bâtiments neufs et anciens.